Analisi su attrezzature, piani di lavoro, pareti di celle frigorifere, eventualmente acqua e aria
Prelievi di campioni e relative analisi microbiologiche sulle matrici ambientali ed in particolare sulle attrezzature hanno lo scopo di verificare la correttezza e l'efficacia dei protocolli di pulizia adottati nell'esercizio. Vanno pertanto eseguiti, ed analizzati da parte di laboratori tamponi di superficie, avendo l'accortezza di scegliere le matrici più significative quanto al rischio di contaminazione crociata degli alimenti (es.: piani e banchi di lavoro) e le matrici che richiedano particolari accorgimenti nel processo di pulizia (es.: attrezzature smontabili come tritacarne, affettatrice, mixer, ecc.). I tamponi ambientali devono essere eseguiti su banchi e attrezzature già sottoposti alle ordinarie operazioni di pulizia e lavaggio, quindi prima dell'inizio delle lavorazioni oppure alla fine della giornata dopo gli interventi di pulizia. Tamponi eseguiti ad attività lavorativa in corso non appaiono significativi poiché la presenza batterica sulle attrezzature in uso va considerata praticamente inevitabile. Per quanto riguarda i parametri da ricercare, si ritiene che ci si possa limitare all'analisi dei seguenti parametri Conta dei germi mesofili aerobi, Coliformi totali, Staphylococcus aureus.
Allo scopo di verificare l'efficacia dei protocolli di pulizia adottati nell'esercizio commerciale, il titolare è tenuto a sottoporre periodicamente ad analisi microbiologiche tamponi ambientali prelevati su banchi di lavoro ed attrezzature del proprio esercizio. Indicativamente e qualora non si evidenzino all'esito delle analisi problematiche igieniche particolari può ritenersi sufficiente una quota di 2-5 tamponi annui.
Dalle analisi dei campioni eseguiti sugli alimenti o sulle matrici ambientali possono emergere non conformità che comportano adempimenti diversi secondo il tipo di germi individuati, ovvero se si tratti di quantità eccessive di germi "indicatori" oppure di germi patogeni.

Il riscontro, dall'esito di analisi batteriologiche eseguite in autocontrollo su alimenti o matrici ambientali, di non conformità limitate ad un eccesso di germi indicatori, deve essere registrato unitamente alle azioni correttive adottate. ma non comporta l'obbligo automatico di segnalazione all'autorità competente, previsto dall'art. 3 comma 4 del D.Leg.vo 155/97. Azioni correttive: l'eccesso di indicatori in un alimento prelevato presso l'esercizio nell'ambito dell'autocontrollo implica una riconsiderazione del sistema, in particolare della fase caratterizzata dal punto di controllo, ed eventualmente, in base all'entità del superamento dello standard prefissato, una sua correzione che va registrata sinteticamente (esempi: "aumentato tempo di cottura" "aumentata temperatura di cottura", "ridotto tempo di permanenza in frigorifero" "richiamato" o "sostituito fornitore" ecc.). Anche un superamento dei limiti quantitativamente limitato ma ricorrente comporta una revisione delle modalità procedurali del sistema, in particolare della fase critica. Analogamente, l'eccesso di indicatori in una matrice ambientale può comportare una revisione del piano di pulizia, in termini di periodicità degli interventi di lavaggio o disinfezione, temperatura dell'acqua, tipo di prodotti per la pulizia impiegati, tempi di contatto con la matrice da sanitizzare, ecc. Qualora il titolare, responsabile dell'autocontrollo, abbia la percezione che la non conformità sia derivata non già da inadeguatezza del sistema adottato ma da una inosservanza di un addetto alle procedure stabilite, l'azione correttiva può consistere in un richiamo all'addetto e soprattutto in un'attiva sensibilizzazione dello stesso all'importanza delle procedure, lasciando inalterato il sistema di autocontrollo. Il ripetersi della non conformità, tuttavia, non può che comportare la modifica del sistema. La non conformità rilevata dall'esito delle analisi determina la necessità di ripetere il campione (o il tampone ambientale) entro 30 giorni dal ricevimento del referto, a meno che le azioni correttive intraprese non diano l'assoluta garanzia dell'eliminazione del problema (es.: cessazione di una determinata produzione a rischio, sostituzione di un fornitore ritenuto inaffidabile). Il riscontro, dall'esito di analisi batteriologiche eseguite in autocontrollo su alimenti o matrici ambientali, di non conformità che documentino la presenza di germi patogeni, deve essere registrato unitamente alle azioni correttive adottate e comporta l'obbligo automatico di segnalazione all'autorità competente. previsto dall'art. 3 comma 4 del D.Leg.vo 155/97. Il comma menzionato prevede che qualora il responsabile "constati che i prodotti possano presentare un rischio immediato per la salute, provvede al ritiro dal commercio dei prodotti in questione e di quelli ottenuti in condizioni tecnologiche simili informando le autorità competenti sulla natura del rischio e fornendo le informazioni relative al ritiro degli stessi;". Il termine "ritiro" è evidentemente usato nel Decreto con riferimento alle attività di produzione e distribuzione di alimenti e mal si adatta ad un esercizio di somministrazione in cui può intendersi col significato di "segregazione" escludendo dall'utilizzo gli alimenti eventualmente ancora presenti nell'esercizio e aventi caratteristiche analoghe al prodotto risultato non conforme e potenzialmente nocivo alla salute. In questi casi l'esercente procederà alla tempestiva segnalazione all'autorità competente, cioè ai servizi del Dipartimento di Prevenzione dell'Azienda USL, mantenendo il residuo del prodotto non conforme a disposizione e procedendo all'eliminazione solo previo nulla-osta dei servizi stessi. È importante comunque sottolineare che la citata Circolare 11/98 prevede che il responsabile, oltre all'eliminazione dal ciclo produttivo del prodotto non conforme e potenzialmente nocivo, proceda "ad una revisione dell'autocontrollo al fine di impedire il ripetersi della non conformità . Egli dovrà pertanto garantire e documentare in tal senso le modalità di revisione dell'autocontrollo, in particolare della fase da cui è scaturita la non conformità, mentre "il compito dell'autorità di controllo sarà quello di accertare che le procedure adottate per l'autocontrollo..." (si intende aggiornato a seguito del riscontro di una non conformità potenzialmente dannosa alla salute) " ... consentano di garantire effettivamente la sicurezza e la salubrità dei prodotti alimentari". In ogni caso, dopo il riscontro di prodotto non conforme e potenzialmente nocivo alla salute e l'adozione delle relative azioni correttive con conseguente revisione del sistema di autocontrollo, è necessaria la ripetizione del campione per verificare l'efficacia delle modificazioni apportate e, se si tratta di semilavorato, sottoponendo a controllo analitico anche il relativo prodotto finito, pronto per il consumo; tali campioni di controllo, che vanno effettuati con la massima tempestività e comunque entro 10 giorni dall'adozione delle nuove procedure, possono non rendersi necessari solo qualora la produzione a rischio sia stata eliminata dal sistema.