Le analisi sugli alimenti non hanno tanto lo scopo di verificare la qualità microbiologica dello specifico prodotto alimentare sottoposto ad analisi, quanto la correttezza del processo produttivo a monte della fase scelta per il prelievo.
Per esemplificare, si può prelevare per analisi un prodotto cotto al forno per verificare la correttezza (tempo, temperatura) del processo di cottura, avendo l'accortezza di scegliere un prodotto deperibile di un certo spessore (es.: arrosto); il riscontro all'analisi dell'assenza dei germi patogeni eventualmente presenti nel prodotto crudo originario e dell'eliminazione pressoché completa della carica batterica iniziale forniscono ampie garanzie sulla correttezza del trattamento termico di quel prodotto e, a maggior ragione, di un prodotto di minor spessore.
In un altro caso è possibile prelevare un prodotto deperibile, meglio ancora se prodotto cotto e refrigerato, posto in frigorifero per valutarne la qualità batteriologica a distanza di giorni e quindi avere conferma circa la correttezza dei tempi - limite individuati per la permanenza a temperatura refrigerata. In ambedue i casi i risultati delle analisi possono consentire di tarare in modo documentato, supportato da esiti analitici, il sistema di autocontrollo adeguandone i criteri di controllo (tempi di cottura, temperature di cottura nel primo caso, tempo di conservazione in frigorifero nel secondo). Un'ulteriore possibilità è il controllo dell'affidabilità dei fornitori tramite l'analisi delle materie prime che afferiscono all'esercizio. Poiché, anche nei soli casi sopra citati, le analisi possono riguardare una notevole varietà di matrici alimentari, a diverso grado di deperibilità, e per di più sottoposte a vari processi in grado di eliminarne o contenerne la contaminazione batterica, non è possibile fornire in questa sede standard univoci di riferimento, cioè limiti di concentrazione batterica, per individuare l'idoneità del prodotto e indirettamente del processo di lavorazione. Tali standard dovranno essere definiti caso per caso dal laboratorio di riferimento e a tal fine è auspicabile che il titolare si rivolga ad un laboratorio accreditato ed in possesso di sufficiente esperienza nel campo, onde ottenere un supporto qualificato non solo nella mera esecuzione dei prelievi e delle analisi, ma anche nella valutazione e gestione dei risultati.
Anche per quanto riguarda i parametri da ricercare nel singolo campione, si ritiene che la valutazione spetti al laboratorio di riferimento, sebbene si possa ritenere sufficiente la scelta di un indicatore batterico (conta dei germi mesofili aerobi), di un indice di contaminazione (Escherichia coli) e di uno o due tipi di germi patogeni (Salmonella spp. e Staphylococcus aureus) eventualmente sostituibili da altri tipi di patogeni in caso di particolari matrici (Listeria monocytogenes nei formaggi freschi, vibrioni nel pesce, ecc.).
Allo scopo di verificare le fasi individuate a maggior rischio nel processo produttivo, il titolare è tenuto a sottoporre periodicamente ad analisi microbiologiche gli alimenti prodotti (o introdotti) nel proprio esercizio, con particolare priorità nei confronti dei prodotti in grado di fungere da indicatori dell'efficacia dei punti di controllo.

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